까미 계산기 다운로드

유전자 또는 유전자 의 그룹에 대한 CAI를 계산하는 프로그램 및 서버의 수는 코돈W, EMBOSS [15], CAIJava [3], CAI 분석기 [8]뿐만 아니라 JCAT [16] 및 CAI 계산기 [5]와 같은 다른 곳에서 사용할 수 있습니다. 이러한 모든 도구는 귀중한 리소스를 나타냅니다. 당신이 효모에 관심이없는 경우, 아마도 Drummond 등. 종이 적어도 몇 가지 유용한 포인터를 제공 할 수 있습니다. 저자의 응답 : 이것은 우리가 해결 한 흥미로운 제안이었다. 계산이 올바른지 확인하기 위해 두 개의 독립 프로그램(Perl로 작성된 독립 실행형 버전과 PHP로 작성된 웹 서버)의 결과가 동일하다는 것을 보여 주십니다. 또한, 우리는 다른 기존 프로그램을 사용하여 결과와 우리의 결과를 비교하고 결과는 크게 다르지 않다. 일부 테스트가 있는 파일은 http://genomes.urv.es/CAIcal/FAQs.html FAQ 섹션의 웹 사이트에서 사용할 수 있습니다. RSCU 값을 다시 생성하려고 시도하고 두 소스 코드를 살펴보는 것을 더 자세히 조사했습니다. 내가 발견 한 첫 번째 것은 같은 fasta 파일 (즉, 여전히 CBDB에서 다운로드 된 동일한 유전자 컬렉션)에서 CAI가 온라인 게시 된 값과 일치하는 두 개의 패키지에 두 개의 다른 RSCO 값을 얻고 있었고 SeqUtils에서 생성 된 값은 달랐다는 것입니다. SeqUtils에서 사용하는 사전이 RSC 값이 아니라고 가정했기 때문에 SeqUtils에서 생성한 RSCO 값을 사용하여 유전자에 대한 CAI를 계산했지만 여전히 값은 허용되지 않았습니다. 그런 다음 소스 코드를 보면 SeqUtils 구현이 내가 모르고 이해하지 못하는 수학적 동등성이 아니라면 샤프와 Li의 종이와 많이 다르다는 것을 알게되었습니다. 반면에 CAI 패키지에 구현된 접근 방식은 용지와 동일합니다.

저자의 응답: CAI 분석을 위한 웹 기반 서버를 제공하는 것이 저희 작업의 주요 목적이었지만, 이는 공정한 비판이었습니다. 소스 코드는 스타일에 대한 광범위한 수정이 필요했으며 숙련된 사용자를 안내할 수 있는 유용한 주석이 부족했습니다. 우리는 크게 그것을 다시 작성하고 각 다른 부분의 기능에 대한 지금 수많은 의견을 통합합니다. 따라서 로컬 버전 1.3을 개발했습니다. 독립 실행형 응용 프로그램의 소스 코드는 여러 개의 개별 응용 프로그램이 단순히 함께 붙여넣은 것이 아니라 하위 알고리즘을 따릅니다. 명확성을 위해 CAIcal 기능에 대한 자세한 설명이 포함된 파일을 포함시켰습니다(이 파일은 FAQ섹션의 웹 사이트에서 사용할 수 http://genomes.urv.es/CAIcal/FAQs.html.

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